主人公である藤丸立香はカルデアに所属していたが、レムレムによって意識のみ特異点へと飛ばされ、記憶を全て失ってしまい、特異点で生まれ育った記憶を持っていた。記憶を失ったまま日常を過ごしていた時、突然巻き込まれる形で聖杯戦争に参加。カルデアやレイシフトの記憶の一部を取り戻し、カルデアへ帰還するため、聖杯戦争に参加。　一方、別視点として描かれる衛宮士郎は、11年間眠り続けるイリヤを救うため、聖杯戦争に参加する。