死海文書が告げた“15年後の使徒再来”。未来を守る名目で、シンジとアスカに下された非情な命令。だが二人は運命の道具になることを拒み、自分たちの人生を取り戻すために立ち上がる。絶望の中で芽生える信頼、反逆、そして恋――これは、魂の自由を賭けた物語。