高校一年の夏、碇シンジは海で「人魚」と名乗る謎の少年、渚カヲルを拾う。家に居ついてしまった彼と徐々に親交を深めていくが、やがて重大な秘密が暴かれていき……という話です。ラストは円満エンド。